เมื่อ ปี พ.ศ. 2539 มหาวิทยาลัยมหาสารคาม ได้จัดทำโครงการจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ขึ้นในสังกัดคณะวิทยาศาสตร์ การดำเนินงานในระยะแรกเป็นการเตรียมความพร้อมด้านอาจารย์ ด้วยการคัดเลือกบุคคลเข้ารับทุนศึกษาต่อในระดับ ปริญญาโทและเอก (รายงานประจำปี คณะเภสัชศาสตร์, 2550) ปี พ.ศ. 2541 มหาวิทยาลัยมหาสารคามและ กระทรวงสาธารณสุข ได้จัดทำข้อตกลงความร่วมมือจัดการศึกษาหลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต โดยให้อยู่ในความรับผิดชอบของโครงการจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ ทำให้พันธกิจของโครงการมีขอบเขตความรับผิดชอบ 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาเภสัชศาสตร์และสาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์
จึงมีการเปลี่ยนชื่อโครงการให้เหมาะสมและสอดคล้องกับพันธกิจที่เพิ่มขึ้น เป็น โครงการ จัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์และวิทยาศาสตร์สุขภาพ วันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542 สภามหาวิทยาลัยมหาสารคาม มีมติให้จัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์และวิทยาศาสตร์สุขภาพขึ้นเป็นหน่วยงานภายใน มหาวิทยาลัย นับเป็นคณะเภสัชศาสตร์ ลำดับที่ 12 ของประเทศไทย และเป็นลำดับที่ 3 ของภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ปีการศึกษา 2541-2544 เปิดสอนระดับปริญญาตรี 3 หลักสูตร ดังนี้